Małopolskie Centrum Nauki Cogiteon jest instytucją kultury o charakterze innowacyjnym, której celem jest edukacja przez zabawę i angażowanie w samodzielne lub zespołowe eksperymenty naukowe, projekty badawcze i społeczne. Cogiteon będzie rozbudzać zamiłowanie do nauki, pomagać zrozumieć świat, budować postawę kreatywności, otwartości i nawyk samodzielnego myślenia.
Swoim profilem będzie odróżniać się od funkcjonujących już w regionie instytucji naukowych i edukacyjnych, czy też muzeów. Jego zadaniem będzie wyzwalanie potencjału wynikającego ze współpracy przedstawicieli różnych dziedzin: nauki, sztuki, edukacji, przedsiębiorczości i działalności społecznej.